PET检查产生的副作用几率相当低，至今没有严重副作用的报告。是高安全性的检查。一般医院都会根据被检查者的体重调节放射线量，仅使用所需范围内最低的放射线量。

由于PET检查是通过静脉注射或呼吸吸入标记了产生放射线的正电子核药物进行的，所以虽然量很小，但也会有辐射。

比如说接受一次注射18F-FDG药物的检查，大约要受到3.5mSv的辐射。人类在地球上普通生活时，受到大地及宇宙的放射线以及人体内所有的放射性元素平均线量为2.4mSv，而检查时的线量是该数值的约1.5倍。(2.4mSv这一数据，是国联科学委员会报告书中所记载的世界平均年间被辐射量。)

但是，如果是结合CT摄像功能的PET/CT检查，需要加上CT摄像的放射线量，所以辐射量会增加到5~14mSv左右。但并不会给身体带来危害。

另外，孕妇不能够接受检查。请在检查前确认是否怀孕。